空气携带着微生物来污染食品。每立方米的空气中至少含有60万颗尘粒，同时还存在着大量的微生物，在这样的空气条件下进行生产，肯定会污染食品。因此，要杜绝带有大量尘埃微粒和微生物的空气污染食品的有效办法是对空气采取过滤和消毒措施。用于生产中，还用于设施、设备清洗中的水，总会含有一定量的可溶性有机物和盐类。正是这些可溶性的物质可被微生物利用作为它们生长的养料源泉。当带有大量尘埃粒子和微生物的水用于生产或清洗设施、设备时，就转移到食品上面，污染了食品。因此，我们直接用于食品生产的水必须经过处理，以防止微生物通过水来污染产品。由于空气中的湿度，所有车间物体表面（包括天花板、墙壁、地面、设备、容器、工具或桌子）都包上一层含水的薄膜。表面因尘埃微粒和微生物由空气传播的回降而受到污染。可能大家都不会想到的，人包括我们自己，是一个永不休止的污染媒介。当我们进入食品加工车间，也许将几百万细菌随我们一起带入车间。对工厂环境整洁，如工厂内管路、软管、集装箱堆放场等工作场所进行充分洗净灭菌，实施“微生物抑制”。食品工厂最大污染源之一是人。在车间，无论机械化程度如何发展，任何地方都有人存在。工人通过亲身体会自然地吸收知识。工人“自检”，既可改善污染原因又增加知识，自觉地养成微生物管理型行动。在杀菌剂使用前，要认真研究用各种杀菌方法，包括加热、紫外线、臭氧等，要考虑杀菌剂使用所产生的后果。要选择合适的杀菌剂，根据不同杀菌对象研究杀菌剂的使用方法，要防止不必要的杀菌剂混入食品，同时也要考虑对废水处理的不良作用。1、机械设备杀菌消毒：要用机械的方法从生产经营场所和机械设备、容器具、管道等清除污染的有害微生物，降低食物被污染可能性。常用的方法有干式或湿式清洗，根据冲洗、刷、擦、抹、扫、铲除、通风、过滤等做到清除不利微生物和除污目标。具备简易、便捷、好用廉价优势。2、热力消毒杀菌：热力消毒杀菌也是一种使用较早，实际效果取可靠，使用最普遍的方法，包含煮沸、流通蒸汽、巴氏低温消毒（62~65C.30min）、红外线、辐射消毒杀菌：包含紫外线消毒和电离辐射消毒杀菌食品厂微生物消毒清洗，一般是先消毒在进行清洗流程，不同基质表面对灭菌效果不一样的影响，黏附在表面的细菌比悬浮在溶液中的细菌更难杀死。而常规物理和化学的灭菌方式均不能去除血迹和微粒等有机污染物，而且任何残留在器械上的有机物都能妨碍灭菌介质的穿透并使细菌形成保护膜从而影响灭菌。所以杀菌消毒要在清除掉基质等污垢之后进行。